El proyecto del Tren Maya no cuenta con todos los permisos de impacto ambiental, dado que los tramos 5, 6 y 7 no cuentan con la Manifestación de Impacto Ambiental.
El sitio oficial del Tren Maya dentro del Fondo Nacional de Fomento al Turismo únicamente subió dos documentos, la MIA en modalidad regional de los tramos 1 a 3, y la MIA en modalidad regional del tramo 4; los cuales, convenientemente, son los menos complicados y destructivos para el ambiente dado que en su mayoría pasan sobre vías de tren ya existentes.
La ASF había señalado que en el 2019 que el Fonatur no contaba con“estudios de impacto ambiental referentes a la flora, fauna, medio socioeconómico y al paisaje, relacionados con la fase 1 del proyecto Tren Maya”.